А.Ю. Седаков родился 26 сентября 1958 года в городе Пензе. В 1966 году вместе с родителями переехал в Горький, где постановлением правительства было создано Горьковское конструкторско-технологическое бюро измерительных приборов (с 1976 года – Научно-исследовательский институт измерительных систем). Юлий Евгеньевич Седаков был назначен директором нового предприятия.

В 1975 году Андрей Седаков поступил в Горьковский политехнический институт им А.А. Жданова на специальность «Автоматизация и комплексная механизация машиностроения». В 1980 году окончил институт с присвоением квалификации инженера-электромеханика и поступил на работу в НИИ измерительных систем инженером технического бюро станков с ЧПУ.

Во время работы в отделе гибкого автоматизированного производства проводил работы по внедрению гибкого автоматизированного производства сложных корпусных деталей на оборудовании с ЧПУ.

Работая в научно-исследовательском отделении новой техники и технологии, занимался внедрением технологий по созданию антенно-фидерных систем.

Став главным инженером предприятия в 1995 году, осуществлял руководство работами по техническому перевооружению и реконструкции производства, разработке и внедрению в производство новых технологий, уделял много внимания международной деятельности института, в результате чего институт успешно выполнил целый спектр работ в интересах фирм Ирана, Индии, Китая, США.

В 2001-2006 гг. под его руководством проведен большой комплекс работ по техническому перевооружению и реконструкции предприятия, в том числе завершено создание в институте современного производства печатных плат, оснащенного высокоточным автоматизированным импортным оборудованием, что поставило институт в один ряд с лидерами отечественной радиопромышленности.

Генеральным директором института назначен в 2008 году.

В октябре 2009 года защитил кандидатскую диссертацию, а в июне 2013-го – диссертацию на соискание степени доктора технических наук. В настоящее время является профессором кафедры «Физика и техника оптической связи» Института ядерной энергетики и технической физики НГТУ им. Р.Е. Алексеева. А.Ю. Седаков входит в Совет НАПП, является членом НТС ЯОК Госкорпорации «Росатом» и правления Нижегородского отделения Ядерного общества России. Заместитель председателя комиссии по проблемам экономического развития в условиях глобализации Общественной палаты Нижегородской области.